• 苏震实验室


    | 研究方向| 实验室成员| 论文专利| 数据库| 网络资源| English Version|
      


    实验室研究方向:

    20045月本实验室建立以来,致力于与农业生产密切相关的重要动植物生物信息学、功能基因组学和系统生物学研究,主要从以下几个方面展开:

    (1)整合基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和代谢组学等综合信息,构建重要动植物功能基因组综合信息平台
    随着高通量技术的发展与应用,公共数据库中的组学数据比任何一个实验室能产生的数据都多,具有更丰富的知识含量,并将提供更开阔的生物学研究视角。然而,信息的海量积累和技术平台的多样性给数据处理带来了多重挑战,急需数据整合的方法和思路。本课题组针对农业生物学研究的需求,已公开发布20余个数据库和网络服务 ,主要包括:

      i. 基因功能富集分析工具平台 (EasyGO/agriGO/PlantGSEA)
     ii. 植物非编码RNA数据整合与分析平台(PMRD/PNRD)
    iii. 植物基因组学、转录组学、表观基因组学数据整合(PCSD)
    iv. 植物功能基因组学数据整合与分析平台 (SFGD/SIFGD/GraP/ccNET等)

    (2)通过对大规模表观基因组和转录组数据分析,研究基因表达调控机制
    构建了识别节律性基因表达的算法ARSER/LSPR,并应用于拟南芥和水稻高通量时序基因表达谱分析; 利用ChIP-seq手段绘制了水稻callus和seedling组织的H2A.Z组蛋白变体的表观基因组学图谱 ,较为系统地分析了其在不同组织和不同时间下的分布特征,以及对基因表达的调控作用;通过对表观基因组学数据整合分析,挖掘水稻 、棉花等基因组中新的转录本;利用DNase-Seq手段研究了拟南芥在长时间黑暗处理下染色质结构的变化特征;等等。

    (3)以系统生物学手段,在跨平台数据挖掘的基础上,展开与植物生长发育及应答逆境胁迫等相关的功能基因研究
    系统研究水稻和拟南芥SPX基因影响生长发育和环境应答的分子机制;探索拟南芥和棉花JAZ家族基因在 叶片衰老和水分胁迫适应性的分子机制;对植物时序(如昼夜节律变化,叶片衰老等)的动态基因表达调控和表观遗传变化的规律进行探索,以期发现时序转录调控的关键因子,并尝试跨物种表观基因组比较分析(包括拟南芥、水稻 、棉花和玉米等)。
     

     

     

    地址:中国北京海淀区圆西路2号|邮编:100193|电话:+86(10)62731214|Email:genome01ATcau.edu.cn

    Copyright? |中国农业大学苏震实验室| 2017 | All right reserved | Last updated: March, 2016

    gt彩票平台